Классы, скомпилированные JDK 1.4, должны использоваться в среде исполнения Java 6 как есть. Если вы действительно столкнулись с проблемой, пожалуйста, опишите ее.
Обновление: Я могу воспроизвести это только с типами в пакете «по умолчанию» (то есть не в пакете). Классы, которые вы пытаетесь использовать в пакете по умолчанию? Кроме того, это происходит со мной независимо от версии JDK, используемой для компиляции.
Обновление: Хорошо, после небольшого исследования я понял, что вы никогда не можете ссылаться на тип в неназванном пакете из именованного пакета. Имеет смысл, но определенно не то, с чем вы сталкиваетесь.
Я могу скомпилировать код в JDK 1.4.2_19 и использовать его прекрасно в проекте Java 6 Eclipse. Я думаю, что эта проблема специфична для вашей среды. В этой ситуации я бы сделал резервную копию Eclipse и заново создал все (установка JDK, рабочее пространство, проекты) с нуля, чтобы посмотреть, смогу ли я его очистить.