Мне не совсем понятны флажки «Использовать значение по умолчанию», которые вы видите, но я заметил две вещи.
Использование фабричного шаблона
Ваш код:
$_product = new Mage_Catalog_Model_Product();
Используйте фабричный шаблон , стандартный для Magento:
$_product = Mage::getModel('catalog/product');
Само по себе это не проблема, но об этом нужно помнить.
Обновление только атрибута продукта
Далее, если вы сохраняете только определенный атрибут, будет быстрее (и, возможно, избежать вашей проблемы), если вы обновите только этот атрибут. Вот так:
$attribute = array('attribute_code' => 'attribute_value');
Mage::getSingleton('catalog/product_action')
->updateAttributes($_product->getId(), $attribute, 0);
Ссылка на метод updateAttributes (). Здесь я рассуждаю так: возможно добавление возможных значений по умолчанию при сохранении всего продукта, а не только определенного атрибута.
Если это не поможет, возможно, снимок экрана с тем, что вы видите, поможет мне лучше понять проблему.