Даже если то, что является и не является хорошей практикой, очень субъективно, я должен сказать, что попытка получить доступ к чему-либо из элемента управления из его базового класса - плохая практика. Базовый класс должен только содержать код, относящийся к всем классам, которые его унаследуют, и откуда вы знаете, что каждая страница, которую вы напишите в будущем, будет иметь этот элемент управления?
Лучшим способом решения вашей проблемы (который, как я предполагаю, будет иметь код для вашего главного меню только в одном месте) было бы написать UserControl, который вы включаете на каждой странице. Если вам нужно сделать что-то конкретное с этим элементом управления, вы можете сделать это в UC 's CodeBehind.