Вам нужно запустить собственный интерпретатор Python для Windows, а не порт Cygwin.
Предполагая, что у вас уже установлены оба в вашей системе, проверьте настройку PATH, чтобы убедиться, что на первом месте стоит родная версия Windows.
Если это не работает для вас, и вы, скорее всего, запустите порт Cygwin, вам придется избегать вызовов os.system () и вместо этого переключиться на использование нового пакета подпроцесса. Дайте прочитать более http://docs.python.org/library/subprocess.html