Вы вводите строку, поэтому вместо нее просто введите строку:
<%= Html.CheckBox("checkboxname", item.Id = 3, New With {.onclick = String.Concat("ajaxThis(this, ", Html.Encode(item.ID), ", '", Html.Encode(item.NUMBER), "');")})%>
Однако, вероятно, было бы проще просто добавить класс css и подключить обработчик событий, используя jQuery .