Есть ли какие-либо недостатки, если просто поместить все модели в $autoload['model'], а не загружать их только по мере необходимости?
$autoload['model']
Возможно, вы захотите взглянуть на CodeIgniter Profiler Class , чтобы увидеть, как ваше приложение выполняет автоматическую загрузку всех моделей вместо загрузки их только при необходимости. Я бы порекомендовал посмотреть на время выполнения и использование памяти.
Вот аналогичный вопрос с некоторыми предложениями по профилированию вашего приложения. Codeigniter. Модели автозагрузки, все станет медленнее?