Я бы сказал, что GDB используется для отладки Java, когда программист работает на другом языке и уже знаком с GDB.В противном случае это кажется странным выбором, учитывая, что есть более популярные альтернативы для Java: jdb , JSwat , eclipse , netbeans ,и т.д.
Вот учебник для отладки Java с помощью gdb.