Во-первых, при необходимости получите func
правильно векторизованным, чтобы аргументы могли быть списками равной длины:
vec_func = @(a,b,c)(arrayfun(@func,a,b,c))
Затем вы можете напрямую получить доступ к каждому третьему элементу idxs
:
vec_func( idxs(1:3:end), idxs(2:3:end), idxs(3:3:end) )