SWT - еще один вариант. Преимущества заключаются в том, что они выглядят ближе к родной платформе и, как правило, ускоряют выполнение. Основным недостатком является то, что вам придется иметь разные дистрибутивы для разных целевых платформ, так как SWT зависит от конкретных библиотек платформы.
Посмотрев на веб-интеграцию, посмотрите на GWT. Вы пишете свой интерфейс на Java, но он генерируется в Javascript и, следовательно, может быть запущен в браузере. Это может облегчить ваше развертывание. С другой стороны, вы теряете немного расширенного клиентского интерфейса, но, возможно, вам это даже не нужно. Все зависит от того, насколько сложен ваш пользовательский интерфейс.
Совет: вы упомянули о будущих планах веб-интеграции. Будьте особенно внимательны, чтобы изолировать, какую логику вы можете использовать в пользовательском интерфейсе. Сохраняйте пользовательский интерфейс как можно более чистым, и тогда вы сможете использовать ту же логику в веб-интерфейсе либо на клиенте, либо на сервере.