Вы ищете это?
>>> my_list = [[1,2], [3,7], [6,9], [4,3]]
>>> [[sublist[0] * 2, sublist[1]] for sublist in my_list]
[[2, 2], [6, 7], [12, 9], [8, 3]]
РЕДАКТИРОВАТЬ: Приведенное выше решение не будет хорошо масштабироваться, если у вас есть списки многих элементов. Если это так, то альтернативой может быть использование отображения:
>>> my_list = [[1,2], [3,7], [6,9], [4,3]]
>>> def double_first(list_):
... list_[0] *= 2
... return list_
...
>>> map(double_first, my_list)
[[2, 2], [6, 7], [12, 9], [8, 3]]
EDIT2: Решение в моем первом редактировании позволяет реализовать любые типы манипуляций над подсписками, но если операция является базовой и зависит только от индекса подсписка, Решение Дана будет работать быстрее.
НТН!