Добавление файла вручную означает, что вам придется повторить шаг, если вы измените файл в источнике.
Вместо этого убедитесь, что для действия сборки NLog.Config задано значение "Содержимое"
Затем добавьте группу вывода проекта типа «Файлы содержимого» в ваш проект установки:
.