Использование Sencha Touch с Phonegap не вызвало НИКАКИХ проблем для приложения, которое я разработал. Однажды меня отвергли за то, что я не поддерживал оба направления в ориентации дисплея (не только это был только ландшафт, это было только одно направление ландшафта. В настоящее время это только пейзаж, и он был утвержден много раз).
Кажется, вам действительно нужно беспокоиться о тех же принципах, о которых вам обычно нужно беспокоиться. Кажется странным иметь 100 файлов javascript и только пару объективных файлов на языке C, но они не поднимают никакой суеты, и наше время ожидания одобрения было отличным.