Я пересмотрел вопрос, как только Томас указал на ложное предположение в моем первоначальном вопросе, которое привело меня к выяснению реальной причины, по которой он не работал в этом посте .
В основном пользовательский элемент управления имеет нулевой фон (в отличие от прозрачного), что, по-видимому, делает его невидимым для мыши, даже если для IsHitTestVisible задано значение true, поэтому решением было добавить Background = "Transparent" в пользовательский элемент управления.