Я думаю, вы неправильно поняли цель freemarker и javascript.
Javascript - это клиентский язык. Позволяет добавить динамическое поведение на страницу, которая уже отрисована сервером.
Freemarker - это язык шаблонов, который позволяет форматировать HTML-страницу на сервере перед ее отображением.
Таким образом, вы не можете заполнить список свободных маркеров javascript, но вы можете заполнить этот список списком из кода сервера.
Как только страница отображается клиенту, freemarker больше не используется, используется только ваш javascript ...