Когда вы в последний раз обновляли Mongod в своей системе? а как ты его обновил?
В зависимости от того, как вы установили / обновили Mongod, может случиться так, что либо файл /etc/init.d/mongo, либо файлы /etc/mongo.conf могут быть перезаписаны.
Или кто-то редактировал эти файлы давным-давно, и впервые Монго перезапускается, и теперь, похоже, внезапно произошли изменения.
Я не видел, чтобы какое-то из этих двух событий происходило долгое время (но если вы используете Gentoo, вы, вероятно, увидите, что это произойдет)
Какую ОС вы используете?
Хорошая идея - хранить резервные копии этих файлов ...