Что такое FAT (например, вставленный USB, встроенная вспышка и т. Д.)? Это будет иметь большое значение.
Если это встроенная флеш-память, вам необходимо найти драйвер файловой системы (FSD), который обычно является драйвером флеш-памяти. Он будет иметь доступ к необработанным секторам флэш-памяти (это то, что FSD использует для чтения и записи) через Xxx_Write или Xxx_Ioctl. Как именно это работает, будет зависеть от используемого флэш-драйвера, поэтому поиск источника драйвера - ваш лучший путь.