Является ли подсчет (*) на всей таблице чем-то, что вы часто делаете?
InnoDB должен будет выполнить полное сканирование таблицы для подсчета строк, что, очевидно, является основной проблемой производительности, если подсчет всех из них - это то, что вы действительно хотите сделать. Но это не значит, что другие операции с таблицей будут медленными.
С правильными индексами MySQL будет очень быстро извлекать данные из таблиц, которые намного больше этого. Проблема с индексами заключается в том, что они могут повлиять на скорость вставки, особенно для больших таблиц, поскольку производительность вставки резко падает, когда пространство, необходимое для индекса, достигает определенного порогового значения - предположительно, размера, который он будет хранить в памяти. Но если вам нужны только умеренные скорости вставки, MySQL должен делать все, что вам нужно.
Любая другая база данных будет иметь аналогичные компромиссы между скоростью извлечения и скоростью вставки; они могут или не могут быть лучше для вашего приложения. Но я бы сначала посмотрел на правильные индексы и, возможно, переписал ваши запросы, прежде чем пробовать другие базы данных. Из-за того, что это стоит, мы выбрали MySQL первоначально, потому что мы нашли, что это работало лучше всего.
Обратите внимание, что таблицы MyISAM в MySQL хранят общий размер таблицы. Они поддерживают это, потому что в некоторых случаях это полезно для оптимизатора, но побочным эффектом является то, что подсчет (*) для всей таблицы действительно быстрый. Это не обязательно означает, что они работают быстрее, чем InnoDB.