Я видел много вредоносных программ Wordpress, запутанных так:
eval(base64_decode('some-base64-encoded-php-payload'));
Это определенно не гарантирует, что ваши файлы не могут быть декодированы.В лучшем случае это может сделать вашу программу более "устойчивой к дебилам".(Я не смею говорить «идиотское доказательство».)
Если люди могут изменить Stuxnet, они могут изменить ваш PHP, понимаете?Но если вы просто пытаетесь скрыть свой код от случайного чтения, вышеприведенный может быть полезным.