Вы говорите о том факте, что Tomcat блокирует доступ к файлам журналов после его запуска, поэтому вы не можете удалять / перемещать / редактировать эти файлы после запуска сервера?
Если это так, то выпросто нужно запустить какой-нибудь скрипт очистки в вашем пакете перезапуска / запуска.
Если нет, то я действительно не понимаю вопроса.
Не могли бы вы предоставить больше информации?