Возможно, что в Eclipse он находится в своего рода среде отладчика, так что он фактически замедлит выполнение вашего кода из-за накладных расходов отладчика. Поскольку работа в JAR не требует от Eclipse дополнительных затрат на отладчик, скорее всего, это будет быстрее.