Я бы скопировал все уникальные записи в новую таблицу:
CREATE TABLE new_table as
SELECT * FROM old_table WHERE 1 GROUP BY unique_column_name;
Проверьте данные, затем удалите старую таблицу, если вы уверены, что все хорошо, и переименуйте новую таблицу в старую.
Затем сделайте столбец имени уникальным, чтобы вам больше не пришлось это делать.
Приветствия