Нет ХОРОШЕГО способа сделать это.Если это то, что вы ищете, вы должны использовать реляционную базу данных.
Но если вам нужно идти по этому пути, то почему бы не сохранить идентификаторы в документе, а затем связать эти идентификаторы с документамив другой коллекции.
К сожалению, для этого потребуется выполнить 2 отдельных запроса, поскольку Mongo не поддерживает составные запросы, охватывающие документы.