Директива include T4 не распознает свойства msbuild, но ассемблерная. Таким образом, вы можете использовать базовый класс шаблона и ссылаться на сборку из вашего пакета NuGet.
С NuGet 2.5 (возможно, недоступной на момент публикации) вы можете создать файл msbuild .props. Назначение $ (MSBuildThisFileDirectory) объединяет относительный путь к сборке с новым свойством msbuild. Новое свойство может затем использоваться в шаблоне проектов T4, использующих пакет NuGet.