Не многие знают об этом, но после удаления приложения документы и настройки этого приложения все еще сохраняются на устройстве, здесь:
/var/mobile/Library/Safe Harbor/myappidentifier/Container/
На мой взгляд, это не был мудрый шаг со стороны Apple, так как это может иметь угрозу безопасности, как тот, который вы объяснили выше.
Если приложение переустанавливается, iOS автоматически копирует эти настройки обратно в соответствующую папку. Это причина поведения, которое вы видите.