Apache POI может читать файлы Excel и также должен предоставлять код макросов. Чтобы запустить макросы, вам понадобится интерпретатор VBA и COM-сервер. Я сомневаюсь, что вы сможете сделать эту работу для сложных макросов (см. в этом обсуждении ).
Вместо этого попробуйте JaCob , который позволяет вам общаться с Excel из Java. Таким образом, вы сможете загружать рабочий лист, запускать макросы в Excel, а затем просматривать результаты.