Во время вызова animate
к элементам добавляется overflow: hidden
, что скрывает расширенные границы. После вызова анимации переполнение никогда не сбрасывается.
Вы можете либо вручную вызвать css('overflow', 'auto')
после завершения анимации, либо структурировать свой контент другим способом, не требующим относительного позиционирования.