Вам необходимо специально объявить настройки провайдера, которые вы хотите добавить, в дополнительном элементе метаданных <AdditionalProviderSettings/>
(через точку с запятой).Измените свой предмет на этот, и он будет работать нормально:
<MsDeploySourceManifest Include="runCommand">
<Path>dir</Path>
<waitInterval>5000</waitInterval>
<dontUseCommandExe>True</dontUseCommandExe>
<AdditionalProviderSettings>waitInterval;dontUseCommandExe</AdditionalProviderSettings>
</MsDeploySourceManifest>