Джо, что происходит, у вас есть два элемента с одинаковой координатой z.А именно, <li class="cube active"> и <section> грани внутри него.
Здесь мы говорим не о z-индексе css, а о переведенной z-координате css3.
Когда браузер встречает две плоскости, занимающие буквально одно и то же точное пространство, вещи могут запутаться.
Поскольку вы не хотите, чтобы элемент li скрывал событие при наведении курсора на вашем кубе, вам следует изменить CSS «активных» классов.В строке 77 файла main.js вы задаете его с помощью кода:
vars.activeCube.css("-webkit-transform", action);
Быстрое решение проблемы - создать переменную "action2", в которой будет храниться тот же самый matrix3d, что и в main.js, но переведенный-1px в координате z.Установите css с помощью vars.activeCube.css("-webkit-transform", action2);, и все должно работать как положено.
Дайте мне знать, если это решит вашу проблему