Как уже упоминал Грег, вы должны отрегулировать ширину и высоту холста графика, если вы хотите, чтобы квадратные графики, но не хотели, чтобы R заполнял большие границы пробелов.
Вот минимальный примерс использованием Sweave:
\documentclass{article}
\usepackage{Sweave}
\usepackage{tikz}
<<echo=FALSE,results=hide>>=
require(tikzDevice)
@
\begin{document}
\begin{figure}
<<echo=FALSE,results=hide>>=
# Standard LaTeX article class has a \textwidth of ~4.5in
# Therefore, divide by 2 to get the right height.
tikz('layout-ex.tex', width = 4.5, height = 2.25)
Layout<- matrix(c(1, 2), nrow = 1, ncol=2, byrow = TRUE)
nf <- layout(mat = Layout, widths = c(1,1),heights = c(1,1), respect = TRUE)
layout.show(nf)
dev.off()
@
\centering
\input{layout-ex}
\label{fig:layout-ex}
\caption{A layout with two sub-figures}
\end{figure}
\end{document}
Полученная цифра выглядит следующим образом: