Если вы установили и настроили PyDev, он должен работать.
Убедитесь, что вы используете правильную команду «Выполнить».Предпочитайте «Запуск от имени модуля Python», избегайте «Запускать на сервере».
Если это не поможет, отредактируйте свой вопрос и приведите точный пример того, что вы делаете (какие меню / кнопки нажимаете и т. Д.).