Полагаю, ваше требование - быстро развернуть и перестроить, учитывая затмение IDE.Как вы уже поняли, экспорт файла war в папку webapps - не лучший вариант.Несколько других вариантов:
a) Использовать плагин sysdeo tomcat - sysdeo развертывает папку проекта
b) Обновить скрипт сборки для развертывания в разобранном формате.- разверните папку \ build как развернутое приложение
Первый вариант самый простой.Второй вариант - более чистый.
[ВЫКЛЮЧЕНА ТЕМА] рассмотрите возможность перехода на tomcat 7