Цель состоит в том, чтобы сделать много циклических цепочек в графе с 3 миллионами вершин.
Вопрос в том, как хранить ребра в базе данных MySQL и поддерживать быструю скорость, ища циклические цепочки, используя алгоритм Дейкстры?
Это действительно работа для графической базы данных. Neo4j - отличный выбор.