Неразбериха с MANIFEST.MF в среде разработки звучит ужасно.Для автоматического управления зависимостями используйте Maven (это не идеальный инструмент, но он стандартный, имеет хороший плагин Eclipse, так что, в конце концов, его не так уж и трудно использовать).
Путь сборки Java хранится вЗатмение в файле .classpath в каталоге проекта (обратите внимание на точку в начале).Файл выглядит примерно так:
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<classpath>
<classpathentry kind="src" path="src"/>
<classpathentry kind="con" path="org.eclipse.jdt.launching.JRE_CONTAINER"/>
<classpathentry kind="lib" path="lib/dom4j-1.6.1.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="lib/oscache-2.1.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="lib/proxool-0.8.3.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="db/derby.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="db/derbyclient.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="lib/commons-logging-1.1.1.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="lib/log4j-1.2.16.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="lib/slf4j-api-1.6.1.jar"/>
<classpathentry kind="lib" path="lib/slf4j-log4j12-1.6.1.jar"/>
<classpathentry kind="output" path="bin"/>
</classpath>
Так что он может быть сгенерирован с помощью простого скрипта, если у вас есть список зависимостей.
Помните, что Eclipse любит кэшировать вещи.Поэтому, когда вы изменяете файл .classpath, обновите свой проект вручную (F5), иначе вы не увидите никаких изменений.