Вы можете использовать $ где. Просто имейте в виду, что это будет довольно медленно (должен выполнять код Javascript для каждой записи), поэтому объединяйтесь с индексированными запросами, если можете.
db.T.find( { $where: function() { return this.Grade1 > this.Grade2 } } );
или более компактный:
db.T.find( { $where : "this.Grade1 > this.Grade2" } );