Отдельные потоки планируются отдельно, поэтому, если оба потока не координируют свою деятельность, оба могут быть активными одновременно, как вы описали, если в MFC нет чего-то такого, что гарантирует, что может быть только один модальный диалог. активный одновременно. Убедитесь, что потоки координируют вещи так, чтобы в любой момент времени был активен только один из диалогов.
Ах, радости от нескольких ядер ...