копаюсь в приложении PlainNote исходный код .Я заметил, что в файле appdelegate нет экземпляра rootviewcontroller.В окно добавлен только navigationController, но каким-то образом загружается и rootViewController.
Как это достигается?
Проверьте в MainWindow.xib.Это на самом деле довольно стандартный способ - шаблоны приложений XCode делают это тоже.