Вам просто нужно указать параметры injar и outjar, указывающие на один и тот же jar, proguard переопределит исходный jar.
Моя настройка Proguard (эта настройка для Java 6, для Java 7, соответственно измените groupid, artifactid и version):
<plugin>
<groupId>com.pyx4me</groupId>
<artifactId>proguard-maven-plugin</artifactId>
<version>2.0.4</version>
<executions>
<execution>
<phase>process-classes</phase>
<goals>
<goal>proguard</goal>
</goals>
</execution>
</executions>
<configuration>
<obfuscate>true</obfuscate>
<includeDependency>false</includeDependency>
<injar>classes</injar>
<maxMemory>512m</maxMemory>
<libs>
<!-- dependency jar here -->
</libs>
<options>
<option>-keepattributes *Annotation*</option>
<option>-allowaccessmodification</option>
<option>-dontskipnonpubliclibraryclasses</option>
<option>-dontskipnonpubliclibraryclassmembers</option>
<option>-dontusemixedcaseclassnames</option>
<option>-dontshrink </option>
</options>
</configuration>
<dependencies>
<dependency>
<groupId>net.sf.proguard</groupId>
<artifactId>proguard</artifactId>
<version>4.4</version>
<scope>runtime</scope>
</dependency>
</dependencies>
</plugin>
НТН.