Вы правы в своих предположениях итераций.
При многократном выполнении части интегратора verlet в кадре, чем жестче и лучше работает симуляция).
Это связано со следующим:
скажем, у вас есть 5 атомов рядом друг с другом, и когда последний атом интегрируется, он немного перемещается. к сожалению, он перемещается в атом рядом с ним. Требуется полный кадр, прежде чем интеграция будет выполнена снова, и это исправлено (из-за ограничений). Однако, скорее всего, атомы снова помещены в другие.
чтобы противостоять этому эффекту, чем больше итераций вы выполняете (тем больше раз за кадр вы называете интегратор), тем лучше будет работать симуляция и соответствовать вашим ограничениям,
однако вы заметите, что чем больше вы запускаете интегратор на кадр, тем большую мощность процессора он будет использовать. Так что где-то есть сладкое место, которое вы должны найти вручную