При установке OpenCover вы обнаружите, что существует документ с именем Usage.rtf, в котором описывается, как использовать OpenCover против службы.
Как правило, вы должны запускать OpenCover под учетной записью администратора с предварительно зарегистрированными профилировщиками (используйте regsvr32). Сервисный выключатель должен указать название сервиса.
Это довольно сложно сделать, поэтому я рекомендую вам создать службу с консольным режимом работы, поскольку тогда выполнение покрытия под учетной записью обычного пользователя имеет меньше ограничений и намного проще в настройке.