Если вам нужно изменить подклассы, вы можете написать перенос Doctrine и использовать DBAL для переноса столбца дискриминатора (и, вероятно, некоторых других полей, специфичных для класса). @smentek правильно сказал, что столбец дискриминатора должен быть ограничен слоем БД.
Проблема, которая у вас есть, на самом деле не связана с полиморфизмом. Это больше связано с необходимостью рефакторинга структуры вашей базы данных и бизнес-объектов. Вы, вероятно, не хотите изменять классы объектов во время выполнения. Тем не менее, есть веские аргументы в пользу рефакторинга классов по ходу проекта.