Если вы хотите стать действительно серьезным, вы можете изменить коды операций, сгенерированные и используемые lua vm, тогда он не может быть декомпилирован с помощью готового программного обеспечения. Хотя это может вызвать у вас больше проблем, чем стоит - вам придется поддерживать собственную версию lua, и вы, вероятно, не сможете использовать такие вещи, как luajit.
Чтобы декомпилировать, они должны были бы составить карту кодов операций, которые вы придумали, и перевести. Это, вероятно, не будет слишком сложно сделать, но я бы, вероятно, не сделал.
[Обновить]
Глядя на источник, это может быть довольно просто, есть два файла lopcode.c и lopcode.h, может быть, если вы просто измените порядок кодов операций в них, то все будет готово. Пожалуйста, напишите, если вы закончите делать это, и это работает или нет.