Думаю, вам придется иметь дело с каждым индивидуально, так как каждый браузер будет работать по-своему.
sessionStorage.clear
localStorage.clear
и для файлов cookie уже есть хороший ответ на SO
Конечно, вы могли бы просто поместить их в свои собственные функции.
Если кэш приложения находится на стороне сервера, вы можете получить ajax-вызов к сообщению http, удаляющему это.
UPDATE:
не рекомендуется очищать кэш приложения, http://www.whatwg.org/specs/web-apps/current-work/#expiring-application-caches. Что бы вы там хранили, что хотели бы удалить?