Возможно, это не самый красивый код, но я верю, что он даст вам то, что вы ищете,
n=70
m1 = matrix(rnorm(n), ncol=7)
m2 = matrix(rnorm(n, 0,4), ncol=7)
d = data.frame(rbind(m1,m2), cl=rep(c(1,2), each=5))
d <- cbind(paste("d", 1:NROW(d), sep = ""), d)
names(d)[1] <- "id.var"
library(reshape)
longDF <- melt(d, id=c("cl", "id.var"))
library(ggplot2)
p <- ggplot(data = longDF, aes(x = variable, y = value, group = id.var))
p + geom_line() + stat_smooth(aes(group = 1), method = "lm",
se = FALSE, colour="red") + facet_grid(cl ~ .)
Пожалуйста, не стесняйтесь улучшать мой код.