У меня возникла похожая проблема в Eclipse (Ganymede) при использовании плагинов Maven и Subclipse. Я не определил, какой плагин вызвал эту проблему, но я подозреваю, что он связан с моим pom.xml, содержащим вложенные модули (т.е. a <modules><module>main-module</module><module>integration-test</module>). Они появляются в Eclipse как вложенные папки с собственными файлами pom.xml (я не использовал плагин Multiple Projects, хотя я его установил).
Я предполагаю, что один из плагинов неправильно установил производный флаг для этих папок, когда я извлек проект из SVN, а затем обновил зависимости MVN и настройки проекта.
Когда я щелкаю правой кнопкой мыши -> Свойства в каталогах вложенных модулей верхнего уровня, я вижу флажок Производный. Сняв флажок производного флага в каталогах модулей (и проверив вместо этого флаг извлечения в целевых каталогах внутри каждого подмодуля), он исправил функциональность Open Resource.
Поскольку производный флаг наследуется от каталогов, вам может потребоваться проверить все ваши каталоги в иерархии, чтобы найти «виновника».
Если это поможет авторам плагинов, в моих каталогах модулей верхнего уровня в их именах будет дефис '-'. Может быть, это выбрасывает один из плагинов.