Это может работать для вашей ситуации:
Измените .htaccess, чтобы он выглядел следующим образом:
RewriteEngine On
RewriteBase /
# redirect mapped domain
ReWriteCond %{HTTP_HOST} joshblease.uk.to
ReWriteCond %{REQUEST_URI} !gme-index/
ReWriteRule ^(.*)$ gme-index/$1 [L]
###CUSTOM RULES###
php скрипт, предполагая, что $ rules содержит новые сгенерированные правила, которые необходимо изменить;
$htaccess = file_get_contents('/path/to/.htaccess');
$htaccess = str_replace('###CUSTOM RULES###', $rules."\n###CUSTOM RULES###", $htaccess);
file_put_contents('/path/to/.htaccess', $htaccess);
приведенный выше пример является теорией и не был проверен, будет зависеть от привилегий .htaccess и разрешений скрипта.