Если вы используете JAXB, я предлагаю создать ваши собственные XSD для файлов XML, которые вам нужно использовать. Это поможет вам документировать то, что вы считали схемой в то время, и поможет выявить любые будущие проблемы из-за изменений в источнике.
Затем создайте класс или классы, которые десериализуют отдельные документы в сгенерированные JAXB классы, а затем создайте нужный объект из этих объектов.
Даже если вы не используете JAXB, я все равно рекомендую использовать этот тип шаблона, чтобы изолировать преобразование из XML в Java и сохранить часть вашего приложения, которая знает о XML, в одном месте, подальше от вашей бизнес-логики .