Создание новых правил требует некоторого кода на C #. См. здесь и здесь для некоторых статей по созданию пользовательских правил.
Вы можете включить / отключить существующие правила с помощью файла конфигурации. Stylecop поставляется с StyleCopSettingsEditor.exe, который можно использовать для редактирования / создания файла конфигурации xml для настройки правил, которые будут выполняться. См. этот вопрос о том, как отключить определенные правила.