У меня есть сомнения относительно того, какой вариант лучше использовать?
$("<input id="input1"></input>").appendTo("#Form"); OR using $('<?php echo $form->input();?>').appendTo("#Form");
Использование помощников фреймворка всегда лучше. Итак,
$('<?php echo $form->input();?>').appendTo("#Form");
Действительно лучшее решение.