Да, если вы хотите подключиться к SQL Server с использованием определенного имени пользователя и пароля, эти учетные данные должны быть указаны в строке подключения.
И да, хранить их в виде простого текста - дело рискованное ..... ..... 1003 *
... к счастью, .NET позволяет вам сильно шифровать целые разделы ваших файлов конфигурации!
Прочтите о Шифрование паролей в приложении .NET , и вопреки распространенному мнению, это доступно во всех .NET - , а не только в ASP.NET. Это работает и в сервисах - не проблема вообще.
Сохраните строку подключения к SQL Server в app.config
для вашей службы, а затем зашифруйте раздел <connectionStrings>
и покончите с этим!