Зависит от того, какая ОС работает на ваших экземплярах EC2:
На самом деле нет необходимости добавлять S3 в микс, если вы не хотите хранить их там по какой-либо другой причине (например, резервное копирование).
Если вы работаете * nix, классическим выбором может быть запуск rsync и просто синхронизация между экземплярами.
В Windows вы все еще можете использовать rsync, иначе SyncToy от Microsoft - это простой бесплатный вариант.В противном случае, возможно, в этом пространстве находятся сотни коммерческих приложений ...
Если вы хотите синхронизироваться с S3, я бы предложил одно из клиентских приложений S3, таких как CloudBerry или JungleDisk, которые оба имеют функцию синхронизации..
Если вы работаете в Windows, также стоит рассмотреть DFS (распределенную файловую систему), которая обеспечивает репликацию и является частью Windows Server ...